이번 주는…

• 수업: Advanced R & Terrestrial Biosphere Part 2
• German course 레벨 테스트
• Panda Panda Asia Shop 구경

2020. 09. 14-16. 월-수요일 : Advanced R

Advanced R course.

Tidyverse, Package 만들기, Debuging, benchmarking & profiling, ggplot2 등을 배웠다.

• map(), nest() functions

  • map()은 apply() 계열과 하는 일이 비슷하지만, ~ , .x 등 축약 표현이 있어서 익히면 좋을 것 같다.
  • nest()를 사용하면 dplyr에서 group_by()를 한 후 각 그룹을 한 원소에 넣을 수 있다(list를 list의 원소로 넣는 것처럼). 이를 이용하면 복잡한 코드를 간결하게 만들 수 있다.
    • ex1) 그룹별로 분석하는 코드: 각 variable 별로 어떤 x1과의 linear regression 수행 후 R² 추출 등
    • ex2) ggplot: 각 그룹별로 ggplot 생성 후 저장 (ggplot도 list이므로 각 원소에 저장할 수 있다).

• Package 만들기

  • 과학원에 있을 때 한 번 어려움을 겪어서 배워두고 싶었다. 완전히 배운 건 아니지만, roxygen2() 패키지를 한 번 사용해봤다는 점에 의의를 둘 수 있겠다. 더 연습 필요.

• benchmarking & profiling

  • benchmarking은 두 함수(코드) 간 수행 시간을 비교하는 것이다.

    • rbenchmark::benchmark(func1(), func2()) 와 같이 실행한다.

  • profiling은 한 함수(코드) 내 부분별로 수행 시간을 구한다. 어디서 시간을 많이 잡아먹는지 파악이 가능하다.

    • profvis::profvis({ 코드 }) 와 같이 실행한다.

    • for 구문이나 memory allocation (c, cbind(), rbind() 등)에서 시간을 잡아먹는 경우가 많다.

2020. 09. 17. 목요일 : Terrestrial & Biosphere Part 2

Henrik Hartmann의 수업이다(근육질 선생님). 수목생리학 시간이랑 비슷했다.

광합성, 호흡, 물 순환, .. 등 이론 수업 후 오후 2시 반부터 두 시간 정도 실습했다.

여기는 실내 수업 때는 환기를 위해서 에어컨을 튼다. **이 날은 스테파니가 실수로 에어컨 온도를 22도가 아닌 12도로 맞췄다. **

정말 추웠다.

온실	오랜만의 광합성 측정 using 라이코	오랜만의 동위원소 측정 using 피카로
모두가 의문이었던 그래프	Sap flow 측정 중	Diurnal change in stem diameter
마루타 체리트리.

실습 중에는 오랜만의 기기들을 만났다.

Li-6800로 광조건을 1500–>0으로 바꿀 때 A_net 줄어드는 속도가 해바라기랑 헤이즐넛 사이에 차이가 어떤지 살펴보려 했다. 해바라기를 실험했을 때 A_net이 항상 곧바로 쭉 감소했다가 다시 증가하고 안정화되는 모습을 보였다. 모두들 왜 그런가 싶었던 반응. 나는 일단 Licor 기계가 stable state를 찾는 과정이라고 생각했다. CO₂를 변화시킬 때도 목표 값을 지나갔다가 다시 돌아오곤 한다.

Sap flow 측정은 서울대 연구실 때처럼 수작업한 게 아닌 우리가 비싸서 사지 못 했던 비싼 제품을(개당 약 2000 유로) 쓰고 있었다(수작업은 개당 약 5유로). 당장 발견했던 장점은 1) 설치가 쉽고, 2) 한 센서로 두 가지 깊이를 동시에 측정하고, 3) 다시 뺐다가 꽂을 수 있다(!)는 것. 태화산에 이거 300개만 깔았어도…

Stem diameter 역시 자동 측정되고 있었다. 얼만지는 모르지만, 마이크로미터 단위로(!) diurnal change까지(!) 기록이 된다. 가뭄일 때는 diurnal change의 amplitude가 커지기 때문에 drought index 역할도 어느 정도 할 수 있다. 태화산에 이거 300개만 깔았어도…

2020. 09. 18. 금요일 : German course

Beutenberg Campus는 일종의 연구단지다. 내가 있는 MPI-bgc뿐만 아니라 MPI-ce, 예나 대학교 연구시설, 라이프치히 연구 그룹 등… 이 모여있다.

이들을 위한 German course가 있나보다. 등록 ㄱㄱ

레벨 테스트를 봤다.

과거시제 등.. 내가 안 배운 것도 있지만 배웠던 건데 기억 안 나는 것도 아주 많았다. 영상만 보고 연습 안 한 결과.

Advanced beginner course (A1.3) 추천 받았다. 완전 beginner 보다는 잘 하지만 저 코스 수강생보다는 부족할 테니 공부하면서 들어야 할 거라 하셨다. 그럴 시간이 있을까 ㅋㅋ 독일어는 살짝 뒷전으로 밀려있다. 연구가 더 중요해.

연구소에서 A1.1, A1.2는 지원 안 해주고, A1.3 부터는 전액 지원해준다고 한다. 영상을 보기만이라도 한 결과.

2020. 09. 19. Panda Panda Asia Shop

Panda Panda. 예나 유일의(?) 아시안 마켓이다. 생각보다 파는 게 많아서 침이 고였다.

전경	짜파게티도 있고 감자면도 있다 .	컵라면, 불닭볶음면
당면, 잔치국수, …	생생우동	양념. 고추장, 참기름, 맛술(!), 매실청(!), …
쌀	소주, 모구모구 복숭아맛, …	종갓집 김치
3시 15분 밀크티	고춧가루(!)	뚝배기(!)

독일 오기 직전 엄마한테 요리 배울 때 “거기서 매실청을 어떻게 구하냐"는 말을 했었는데… 판다판다에서 구할 수 있다.

친구가 독일에 없다던 고춧가루고 있었고(맛은 모르겠다),

심지어 뚝배기(!)도 판다(제품명도 Kumkang Meckbansuck Ddukbaegi = 금강 맥반석 뚝배기다).

다 팔아서 판다 판다인가…

이 외에는 알아볼 수 없는 중국&일본&태국 음식 대다수.

그 외…

N26 카드가 도착했다. 이제 돈만 들어오면 된다(…)

지나가다 발견한 Crossfit gym.

다음 주는…

• German course 시작
• SINDBAD 개발 작업 참관(?) with Sujan, Nuno, and Tina
• CARDAMOM + DALEC2를 CARDAMOM + SINDBAD로 바꿔서 Global-scale application 가능한지 조사
  • or CARDAMOM + DALEC2 + SINDBAD?